课程名称: Plant Bioinformatics

课程主页: https://www.coursera.org/learn/plant-bioinformatics

所在平台: Coursera

课程类别: 生命科学

大学或机构: 多伦多大学

讲师： Nicholas James Provart

授课语言： 英语

提供字幕： 英语

课程文件大小： 396MB

课程介绍： 过去的15年是植物生物学中令人兴奋的一年。数百个植物基因组已经被测序，RNA-seq已经实现了转录组范围的表达谱，并且基于“seq”的方法的扩散已经允许以低成本和高通量的方式确定蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA的相互作用。这些数据集反过来让我们点击鼠标就能产生假设。例如，当我们在“正常”生长条件下看不到基因突变的表型时，知道基因在何时何地表达可以帮助我们缩小表型搜索空间。共表达分析和关联网络可以提供与感兴趣的生物过程相关的高质量候选基因。使用基因本体丰富分析和路径可视化工具可以帮助我们理解我们自己的组学实验，并回答“我们感兴趣的突变体中有哪些过程/路径受到干扰？”

结构:每个为期6周的实践模块包括约2分钟的介绍、约20分钟的理论迷你讲座、1.5小时的实践实验、可选的约20分钟的实验讨论(如果在实验中遇到困难)和约2分钟的总结。

涵盖的工具:

模块1:基因组数据库/预先计算的基因树/蛋白质工具。Araport，TAIR，Gramene，EnsemblPlants Compara，PLAZASUBA4和细胞eFP浏览器，1001基因组浏览器

模块2:表达式工具。电子探针浏览器/电子探针序列浏览器，阿拉波特，基因调查者，NCBI基因组数据浏览器，用于探索除拟南芥以外的许多植物物种的核糖核酸序列数据，MPSS小核糖核酸数据库

模块3:协同表达式工具。ATTED II，Expression Angler，AraNet，AtCAST2

模块4:启动子分析。顺反子，雅典娜，依普兰

模块5: GO富集分析和途径可视化。AgriGO，AmiGO，分类管理员，TAIR，g:profiler，AraCyc，MapMan(可选:植物反应器)

模块6:网络探索。拟南芥相互作用浏览器2，ePlant，tf2网络，虚拟植物，基因狂热

[材料于2019年6月更新]

本课程属于 Plant Bioinformatic Methods Specialization/专项课程 中的第3门课程。

课程压缩包下载地址（度盘链接 解压密码：xuebuyan.org）：

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