课程名称: Genome Assembly Programming Challenge

课程主页: https://www.coursera.org/learn/assembling-genomes

所在平台: Coursera

课程类别: 计算机科学

大学或机构: 美国加州大学圣地亚哥分校，国立高等经济大学

讲师： Alexander S. Kulikov,Michael Levin,Daniel M Kane,Neil Rhodes

授课语言： 英语

提供字幕： 英文

课程文件大小： 116MB

课程介绍： 2011年春季，德国有数千人因致命疾病住院治疗，这种疾病最初是由于食物中毒和腹泻引起的，并常常导致肾脏衰竭。这是最近历史上最致命的一次暴发的开始，这种暴发是由一种神秘的细菌菌株引起的，我们将其称为E.​​ coliX。德国官员很快将这次暴发与吕贝克的一家餐馆联系在一起，那里有近20％的顾客在一周内出现了血性腹泻。在这一点上，生物学家知道他们正面临着一个以前未知的病原体，而传统方法还不够用–需要计算机生物学家来组装和分析新出现的病原体的基因组。

为了调查暴发菌株的进化起源和致病潜力，研究人员启动了众包研究计划。他们从一名患者中释放出细菌DNA测序数据，引发了四大洲的计算生物学家进行的一系列分析。他们甚至将GitHub用于该项目：https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki

2011年德国爆发疫情是流行病学家与计算生物学家合作阻止爆发的早期例子。在此“基因组装配程序设计挑战”中，您将通过开发程序从大肠埃希氏菌X基因组的数百万个重叠子串中组装大肠埃希氏菌X的基因组的程序，跟随生物信息学家调查疫情的脚步。

本课程属于 Data Structures and Algorithms  Specialization/数据结构与算法 专项课程 中的第6门课程。

最近更新：2020年4月28日。

课程压缩包下载地址（度盘链接 解压密码：xuebuyan.org）：

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